A hagyomány szerint a japán nép két isteni lény egyesüléséből keletkezett, és a szigetvilágot is isteni erő emelte ki az óceán hullámaiból. A japán nép eredetére vonatkozóan még ma sincsenek megbízható adatok. A tudósok véleménye eltérő, és a tisztázatlan részletkérdések mindmáig a japán ókorkutatás alapvető problémái.

Kőkorszak:
A régészeti eredmények alapján feltételezhető, hogy az őslakók Kelet- és Észak-Ázsia különböző vidékeiről(legvalószínűbb hogy Kínán és Koreán át), valamint a Csendes-óceán déli szigeteiről érkeztek az országba. A bronz- és vaskor eredményeit is Ázsiából vették át.
Az őslakóknak tartott-egyesek szerint mongol eredetű- ajnuk pár ezres maradékcsoportja ma már csak idegenforgalmi látványosság. Az ősi mongol mitológia sok közös vonást mutat az ajnu, de még a japán mítoszokkal is. A vércsoport-tulajdonságokat vizsgáló Macumoto professzor egyre terjedő nézete szerint Szibériában, a Bajkál-tó keleti oldalán kell keresni a japán ősök gyökereit. Az ajnuk harcias halász-vadász népe egykor még a mai Osaka is túlterjedő hatalmas területet népesített be, de napjainkra már visszahúzódott Hokkaido zártabb vidékeire.
Pleisztocén korszak. Jégkorszak:
Japán története tulajdonképpen ekkor kezdődik. A tudósok egybehangzó véleménye szerint ebben az időszakban a mai japán szigetsor még egybetartozott az ázsiai kontinenssel. Legrégibb kimutatható kultúrája az 50.000 évnél is idősebb csiszoltatlan őskőkorszaki kultúra, amely- a több száz lelőhely tanúsága szerint- különféle helyi jellegzetességekkel terjedt el a szigetvilágban. A pleisztocén rétegekből pattintott kőeszközök, elefántagyarak és embercsont-kövületek kerültek elő. Ezt a vadászó, gyűjtögető életmódot folytató kőeszköz-kultúrát agyagedény előtti kultúrának nevezik.
A csiszoltkő-kutúra időszaka:
A csiszoltkő-kutúra időszaka a kb. 10.000 évvel ezelőtt vget ért jégkorszak után fejlődött ki, amikor a tenger vízszintjének emelkedése és a kéregmozgások következtében kialakult a mai japán szigetsor.
Kr.e 4000-400:
A kerámiák mintáiról kapta a nevét az újkőkorszaki szintű dzsómon/jomon (magyarul „zsinórmintás”) kultúra. Megindult a szigetek benépesülése. A japán nép az őslakó vagy legalábbis korábban megjelenő ajnuk, a déli eredetű törzsek és a később bevándorolt mongol-maláj népfajták egybeolvadásából alakult ki.
A Kr.e IX-VIII. század:
A Kr.e IX-VIII. századból a yamato népcsoport háborúskodásairól vannak adatok. Egyes japán tudósok szerint népük őse ez az egységes népcsoport.
A Kr.e IV. és III. század:
A Kr.e IV. és III. században a japán ősök már családcsoportokban éltek, ismerték a fémek használatát és az ötözéses gazdálkodást.
 A Kr.e III.század-Kr.u III. század:
közötti időszakot a Yayoi kornak nevezik a történészek. Ekkor kezdődött a kínai és koreai kapcsolat.
A Kr.e utolsó és a Kr.u első századok:
A Kr.e utolsó és a Kr.u első századokban már kezdett kialakulni az osztálytársadalom, fokozatosan felbomlott a nemzetségi-törzsi szervezet.
A Kr.u III és IV. század:
Megjelentek a törzsszövetségen alapuló állam csírái.A III. században a legerősebb törzsszövetség, a Yamato csoport kiterjesztette uralmát a többi, egymással örökösen háborúskodó törzsekre és nemzetségekre.
450-500.Kínai mintára kialakuló egységes állam:
A mai Nara körzetben létesült központi hatalommal. Egyes tudósok szerint az első japán állam egalapítása a III-IV., mások szerint viszont VI-VII. századra esik.A VI. század második felét jelöli meg a Yamato törzsszövetség tartós hatalomra jutásának időpontjaként a 4 kitűnő japán tudós által összeállított Japán művészet c. könyv is. Kr.e 660-ban koronázták meg a Yamato-ház vezérét Jinmu tennová, vagyis császárrá.
Az országot kb. a 7. századtól kezdik Nipponnak vagy Nihonnak nevezni(vagy a Felkelő Nap országának).
A Kr.u IV-VI. század:
A kialakuló japán állam hódító háborúkat vezetett a Koreai-félsziget királyságai ellen. A már korábban is meglévő kínai kapcsolatok mellett a koreai közvetítéssel sajátították el a japánok a szövés, a bőrfeldolgozás és a fémmegmunkálást, valamint a hajóépítés mesterségét, amelyek Kínában a Han-dinasztia uralkodása idején magas fejlettségi fokot értek el. A kínai írásrendszer bevezetése révén megismerkedtek a kínai orvostudománnyal az időszámítás, a csillagászat és a naptárrendszer titkaival.
538-ban Pekcse( vagy Pakcse, vgayis Korea) királya katonai segítséget kért és kapott a japán „császártól”. Hálája jeléül aranyozott Buddha-szobrot és buddhista iratokat küldött.
538 után(egyesek szerint 552-ben) kínai-koreai közvetítéssel átkerült Japánba a buddhizmus és ezzel szinte egy időben a konfucianizmus. Szerzetesek, apácák, kézművesek jöttek Japánba, s pár évtized alatt megszilárdult a buddhizmus. De ezzel együtt tovább élt az ősi japán hitvilág, a sintó, vagyis istenek útja, egy nemzeti vallás vagy inkább tipikus japán kulturális jelenség.