Bővebben: Japán régiói, Japán prefektúrái és Japán települései
Japán 47 prefektúrára osztható: egy metropoliszra (都, to), Tokió; egy kerületre (道, dó), Hokkaidó; két városi prefektúrára, (府, fu), Kiotó és Oszaka; valamint további 43 más prefektúrára (県, ken). Mindegyiknek választott kormányzója, törvényhozói testülete és közigazgatási hivatali szervezete van. A prefektúrák nyolc régióba tömörülnek, bár a legnagyobb közigazgatási egységnek mégis a prefektúrákat tekintik. A főváros, Tokió, további 23 kerületre oszlik, amelyek ugyanolyan jogokkal rendelkeznek, mint a városok.

(23) Aicsi (愛知)
(05) Akita (秋田)
(02) Aomori (青森)
(12) Csiba (千葉)
(38) Ehime (愛媛)
(18) Fukui (福井)
(40) Fukuoka (福岡)
(07) Fukusima (福島)
(21) Gifu (岐阜)
(10) Gunma (群馬)
(34) Hirosima (広島)
(01) Hokkaidó (北海道) (kerület)
(28) Hjógo (兵庫)
(08) Ibaraki (茨城)
(17) Isikava (石川)
(03) Ivate (岩手)
(37) Kagava (香川)
(46) Kagosima (鹿児島)
(14) Kanagava (神奈川)
(39) Kócsi (高知)
(43) Kumamoto (熊本)
(26) Kioto (京都) (városi prefektúra)
(24) Mie (三重)
(04) Mijagi (宮城)
(45) Mijazaki (宮崎)
(20) Nagano (長野)
(42) Nagaszaki (長崎)
(29) Nara (奈良)
(15) Niigata (新潟)
(44) Óita (大分)
(33) Okajama (岡山)
(47) Okinava (沖縄)
(27) Oszaka (大阪) (városi prefektúra)
(41) Szaga (佐賀)
(11) Szajtama (埼玉)
(25) Siga (滋賀)
(32) Simane (島根)
(22) Sidzuoka (静岡)
(09) Tocsigi (栃木)
(36) Tokusima (徳島)
(13) Tokió (東京) (metropolisz)
(31) Tottori (鳥取)
(16) Tojama (富山)
(30) Vakajama (和歌山)
(06) Jamagata (山形)
(35) Jamagucsi (山口)
(19) Jamanasi (山梨)