Már a Tang-dinasztia idejében is ismerték a bonsait. Eredetét sokszor az ókori Kínának tulajdonítják, ahol, úgy hisszük, a gyógyítók ilyen módon szállították gyógynövényeiket. Régen a stílusosan megformált törzseken volt a hangsúly, amiket főleg állat- vagy misztikus figurák formájára alakítottak. Néhány ilyen darab máig is fennmaradt és nagy értéket képvisel.

A japánok a bonsait a kínai stílusból vették át és az uralkodói nagykövetség hozta „divatba” Japánban (7–9 század). A Kamakura időszakból származó penjing a Heian időszakbeli szokásokra hivatkozik és néhány papírtekercsre lett feljegyezve (megrajzolva). A Muromachi időszakban a penjing Japánban különféle formákat öltött. Csakúgy mint a Japán kert, ez is átvette a „Wabi-sabi” művészformát. Ebben az időben a bonszai még csak egy kiválasztott társadalmi réteg képviselőinek szórakozása volt. Az Edo időszakban a bonszai nevelése már a daimyo, szamuráj, kereskedő és városlakó réteg számára is elérhetővé vált. A bonsai-cserép népszerűvé válását követően sok fazekasmester szakosodott kimondottan e típusú áru készítésére. Azt mondják, hogy a „bonsai” használata e szakaszban kezdődött. Sok Japán Ukyjo-én szerepel (浮世絵) (vékony falapokra festett tájképek).