Bár a japánkert kifejezés hallatán leggyakrabban békés, gyönyörű helyekre gondolunk, melyek kikapcsolódást jelentenek a mindennapi életből, japánkerteket más céllal is terveznek. A legtöbb kert csendes elmélkedésre bátorítja a látogatót, de némelyiket ritka növényfajok vagy érdekes formájú kövek bemutatására hozták létre.

A sétakertekben (kaijú-siki) a látogatónak végig kell sétálnia a kerten, hogy teljes mértékben élvezhesse szépségét. Előre megtervezett út viszi végig a sétálókat a kert minden egyes részén. Egyes helyeken egyenetlenre tervezik a talajt, hogy az embernek a lába elé kelljen néznie, és amikor újra felnéz, szép dísz vagy látvány ötlik a szemébe – ezt a tervezésmódot hívják „az elrejtés és megmutatás elvének”, és célja a látogató felvidítása.

A köveknek a japán legendák szerint lelkük van, ezért tisztelettel kell bánni velük. Kövekből alakítják ki a kertek ösvényeit és hidait. Kövek jelképezik a hegyeket is, ahol igazi hegyek nincsenek. Mindig páratlan számú követ helyeznek el egy csoportban, leggyakrabban háromszög alakzatban.

A vízforrásnak a japánkertben a természet részének kell tűnnie, ezért a hagyományos japánkertekben nincs szökőkút. A patakokat kanyargósra tervezik, hogy természetesnek és nyugalmat árasztónak tűnjön. A lámpást gyakran a víz mellé helyezik, hogy együtt jelképezzék a jint és a jangot, a tűz és víz hagyományosan férfias, illetve nőies jellegét.

Egyes kertekben száraz tó- vagy patakmederrel, esetleg kövekkel kiképzett „vízeséssel” képviseltetik a vizet. Ennek nem csak az lehet az oka, hogy ott a valódi víz használata valamilyen akadályba ütközik, hanem ha filozofikus igényű, meditálókert létrehozása az elsődleges cél, akkor esetleg szimbólumokkal helyettesítik a vizet. Ilyenkor kavicsok jelentik a vizet, kavics- vagy homoktertítés jelenti a víztükröt, amelybe a víz hullámzását érzékeltető vonalakat húznak.

A harmadik fontos elem egy japánkertben a zöld növényzet. A hagyományos kertekben kevés a szín, ezért kevés virágot ültetnek; a színes virágokat gyakran a bejárat közelében helyezik el. Egyes növények, például a juhar, más-más évszakokban más-más színt adnak a kertnek.

A Japánon kívül létrehozott kertekben többnyire igyekeznek Japánban honos növényeket használni, de van, hogy az eltérő éghajlat miatt csak más fajta alkalmazható.